Data Scientist

L'Hospital Sant Joan de Déu Barcelona és un dels centres europeus més importants en les especialitats de Pediatria, Ginecologia i Obstetrícia. Som un hospital d'alta especialització i tecnologia, de referència en l'assistència, la docència i la recerca. El nostre model assistencial compagina harmònicament la ciència, els avenços tècnics i la humanització, des del respecte a la dignitat de la persona. Anualment ens visiten més de 350.000 pacients.

L’hospital, com a centre de referència internacional, aposta per una assistència i tractament del pacient humanista que te en compte l’experiència del pacient en tots els àmbits del tractament. Al ser un centre d’alta especialització, també integra les últimes tecnologies en el tractament i seguiment dels pacients. Un exemple és el projecte Hospital Líquid, el projecte de transformació digital que inicià el 2009 i que se centra en generar les eines i plataformes que permetin anar més enllà de les parets de l’hospital per tractar als pacients allà on siguin i empoderar-los en el procés de tractament. En el projecte PHEMS desenvoluparem i validarem un concepte d'ecosistema de dades de salut descentralitzat i obert, basat en estàndard (com el OMOP) i generat sobre 3 casos d’ús clínic de 4 hospital de referència en l’assistència pediàtrica a Europa. El projecte facilitarà l'accés a les dades de salut i ajudarà a avançar en l'anàlisi avançat de dades de federades,creant serveis que generen conjunts de dades sintètiques compartibles.

El projecte PHEMS ha estat finançat per la Comissió Europea dins del programa Horizon Europe (Research and Innovation Action) i sota el grant agreement nº 101094195.
Els socis tècnics, en col·laboració amb els socis hospitalaris desenvoluparan tres casos d'ús clínic, que utilitzaran diversos tipus de dades (per exemple, dades d'EHR, de laboratori i de monitoratge):
1) Benchmarking del tractament de pacients de cardiologia amb cardiopatia congènita: En aquest cas d’ús es crearà un dashboard per comparar les mesures de resultats dels pacients amb cardiologia mitjançant l'ús de dades federades i estandarditzades (OMOP) de GOSH, HUS, FSJD i ERASMUS. Aquestes dades de benchmarking s'utilitzaran per identificar les millors pràctiques en les vies de tractament per millorar l'atenció i la prestació assistencial dels pacients amb cardiopatia congènita, una de las patologies més complexes i costoses pel sistemes de salud.
2) Predicció de Sèpsia de la Unitat de Cures Intensives Pediàtriques (UCIP): Se investigarà els beneficis de l'ecosistema federat PHEMS per desenvolupar, entrenar i provar algorismes que prediuen la sèpsia en UCIP de quatre grans hospitals infantils europeus (HUS, GOSH, ERASMUS y HSJD). Validar i implementar algorismes predictius de sèpsia aplicant tècniques d'aprenentatge automàtic per agrupar trajectòries de pacients de UCIP segons els resultats.
3) Hematologia; hemofília: El cas d'ús clínic 3 desenvoluparà i provarà un algorisme de predicció basat en Machine Learning en conjunts de dades de GOSH, HUS, FSJD i ERASMUS per tractar pacients pediàtrics amb hemofília A o B. Aquest cas d'ús pretén mostrar que l'ecosistema d'intercanvi de dades de nova creació, mitjançant algorismes d'aprenentatge federats,
augmenta el nombre de pacients inclosos en algorismes d'aprenentatge automàtic en malalties de baixa incidència. Millorarem la precisió d'un algorisme d'aprenentatge automàtic creat per un únic centre (ERASMUS) per predir els nivells de factor plasmàtic a l'hemofília A i B ampliant la validació als altres 3 centres. Finalment, compararem el rendiment dels models d'aprenentatge automàtic amb els models clàssics de PK per predir els nivells de factor plasmàtic.

L'objectiu d'aques lloc de treball és incorporar un data scientist a l’equip multidisciplinar del projecte per donar suport transversal als tres casos d’ús clínics en què el HSJD participa, però especialment en el desenvolupament del algoritme de predicció de Sepsis en UCIP.

Funcions principals:

Donar suport al projecte PHEMS com a referent bioinformàtic en la preparació de les bases de dades dels 3 casos de us i en el desenvolupament e implementació de models predictius de SEPSIS en UCIP, coordinat amb els 4 hospitals de referència pediàtrics.

LES RESPONSABILITATS:

- Extracció i harmonització de les dades per a la construcció dades dels entorns de virtualització necessàris pel projecte.
- Utilització de les eines de preprocessat i anàlisi de dades per donar resposta a les necessitats del projecte.
- Desenvolupament i validació d’algoritmes predictius explicables per a la predicció del risc de deteriorament de pacients i la seva estratificació segons risc.
- Col·laboració en el disseny de les eines de visualització per a la presentació d’informació amb els entorns definits per l´organització.
- Col·laboració en el posada en producció del algoritme un cop validat, pel seu ús en un entorn clínic real.
- Gestionar, coordinar i impartir las formacions relacionades amb les seves tasques i àrees de coneixement al personal que els requereixi.
- Donar suport a les àrees tècniques i assistencials que formin part de l’àmbit d’actuació.
- Assistir a les reunions de coordinació transversal del projecte en què estigui involucrada.
- Reportar l’activitat del seu àmbit d’actuació, garantint l’alineació dels indicadors de resultats amb els objectius tant assistencials com estratègics de l’àrea on treballi.
- Contribuir als entregables del projecte Europeu amb els resultats i documentació generada del projecte
- Participació i coordinació en les reunions de seguiment i equip del projecte.

Què oferim?

• Contracte a temps complet amb un període de prova de 4 mesos.
• Condicions econòmiques segons perfil i coneixements aportats.
• Possibilitat de treball remot fins a dos dies per setmana.
• Un lloc de treball interessant i versàtil i un ambient de treball agradable.
• Formar part d'un excel·lent centre de recerca multidisciplinària amb el distintiu HRS4R.